VMD使用简单说明

　　VMD 主要用来可视化化蛋白质三维结构，但是其功能远远限于此，本文只是对一些基本操作进行说明。

1.VMD的下载及安装

　　进入 VMD官网 按照下图箭头提示进入下载界面。

　　下载界面如下图所示，VMD 非常良心的三系统均支持，本文下载 Windows 版本，文件夹中 vmd193win32cuda.msi 是下载好的安装包，双击安装且无需任何依赖库或语言，非常方便。

2.文件的导入、保存及图片的导出

　　打开 VMD 会出现下图三个对话框，其中左边为三维图像展示界面，右上方为 VMD 主菜单界面，右下方为 Windows 的 cmd 界面（注意：不同平台对应相应的命令行界面）

2.1 pdb文件的导入

　　导入 pdb 文件有两种方式：一是将 pdb 文件直接拖拽至 VMD 主菜单或图像展示界面中；二是从 VMD 主菜单界面中点击导入，具体过程见下图。

　　按照上图进行选择后弹出下图对话框，如下图本文导入软件自带 pdb 文件作为示范。

　　导入后在 VMD 主菜单界面中显示如下，可以导入多个 pdb 文件进行操作。

上图红圈部分含义如下：

T top是置顶，类似于图层的概念，导入多个三维结构时有意义
A active是活动，激活为不活动
D displayed是显示，激活为不显示
F fixed为固定，激活为不固定
字母红色代表激活，黑色表示未激活

2.2 pdb文件的保存

　　根据下图所示来保存修改后的 pdb 文件。

2.3 图片的导出

　　根据下图所示将图片导出，其中导出文件的格式建议不省略。

　　默认背景是黑色，但是出图一般需要白色背景，根据下图所示修改将背景为白色。

　　出图一般还需要去除坐标轴，根据下图所示去除坐标轴。

3.VMD主菜单界面的基本介绍

VMD main界面中上方共有7个选项，主要选项作用如下：

File：有文件导入、文件导出、文件保存及退出程序等
Molecule：设置导入文件的T、A、D、F及对导入文件的重命名删除等操作，具体说明见pdb文件的导入部分
Graphics：对三维结构进行修饰，如风格，颜色等
Display：对三维结构的演示效果进行修改，如视角、光源、坐标轴、背景等
Mouse：设置鼠标的模式，平移、缩放、缩放等
Extensions：拓展功能

　　三维文件导入显示区域见上一小结，下图中红框部分为在导入分子动力学模拟的文件时候，调整播放的一些参数，类似于视频播放器的一些按键，如播放进度、速度及方式等。

3.1 Graphics中的Representations

3.1.1 Style、Color 和 Selection

　　如下图，我们主要在 Representations 窗口来对三维结构进行修饰。通过修改 Style、Color 和 Selection 将三维结构变成更能体现实际问题的样式（其实就是美化）。

Style 对应下方的 Drawing Method，其中常用的有 Lines、Bonds、DynamicBonds、VDW 和 CPK
Color 对应下方的 Coloring Method，其中常用的 Name 和 Element
Selection 对应下方的 Selected Atoms，这里可以输入需要修改原子的名称，可以按照下图所示来查看文件中所包含的原子
Material 是选择显示的透明度，其中 opaque 是不透明，其余均为不同的透明样式。

3.1.2 图层

　　想要制作更为复杂的图就需要引入图层，通过不同图层的叠加来获得更加凸显问题的结构模式。
　　通过下图中 Create Rep 创建一个与当前三维结构完全相同的三维结构，即新建一个图层，Delete Rep 来删除图层；鼠标双击来选择是否显示图层，黑色为显示状态，红色为隐藏状态，对不同图层进行编辑，最后通过图层的叠加来获得所需的结构模式。