Linux上的神器Anaconda

　　有在Linux上安装软件或配置环境的经验，那么把Anaconda称之为神器就不会觉得过分！尤其对于初学者，有兴趣可以自行体会不使用conda安装软件。

1.Anaconda

1.1 Anaconda是什么

　　Anaconda是一个基于Python的开源的包、环境管理器，可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖，并能够在不同的环境之间切换。
需要知道四个关键点：基于Python、软件管理、包管理和环境管理。

1.2 Anaconda的下载

　　访问Anaconda官网按照下图示例进行选择下载即可。（注意：Python3.0以下的版本最终会被淘汰，只是目前有些软件还没更新到3.0版本以上所以Python官方推出一个2.7过渡版本）

　　Anaconda官网由于服务器位于海外，所以下载速度在某些地方可能比较慢，为了提高下载速度可以使用国内的一些镜像网站来下载，如中科大镜像，清华镜像等。
　　两种方法均会下载一个.sh结尾的文件，上传至服务器中即可进行安装。当然也可以直接在服务器中输入以下命令来下载Anaconda即可，文件夹中提供下载好的安装包Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh。

# 从官网下载Anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh
# 中科大镜像下载Anaconda（推荐）
wget http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

　　Anaconda还有一个精简版本叫miniconda，由于版本只包含基本功能软件，本文并不推荐在服务器中安装此版本，避免以后还要额外安装其他常用所需包。有自己安排的大神可以忽略。

1.3 Anaconda的安装

　　在安装包所在的目录下输入下面指令即可开始安装。

bash ./Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

　　如下图Anaconda在安装时需要用户对是否接受版权许可、安装位置及是否添加至环境变量中进行选择。

是否接受版权许可填写 yes
安装位置可以默认（/home/user name/anaconda3），当然也可以自定义，根据自己习惯
由于会安装许多软件，需要耐心等待，尽量不要在安装软件期间回车查看是否死机，因为回车会成为下一步的指令，比如添加环境变量中，回车即选择默认选项，而默认是no
是否添加至环境变量中填写 yes，若不慎填写为 no，可以输入下面指令将Anaconda添加至环境变量中

# 将Anaconda添加到环境变量中，填写自己的安装位置
echo 'export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc

　　最后需要输入以下命令来重新载入配置文件（重要！）

# 重新载入Linux Bash的配置文件
source ~/.bashrc

　　输入conda查看是否安装成功，出现conda的help文档表明安装成功。

1.4 设置源

　　Anaconda源默认在国外，这就是在国内使用Anaconda下载软件速度慢的原因，可以通过将源设置为国内镜像来提高下载速度。

# 官方源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels msys2
conda config --add channels menpo
conda config --add channels peterjc123
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels pytorch
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --set show_channel_urls yes

# 北外镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --set show_channel_urls yes
# 清华镜像，已挂
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
# 中科大镜像，已挂
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
# 腾讯镜像，已挂
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --set show_channel_urls yes
#查看已经添加的channels
conda config --get channels 
# 查看conda的配置信息
conda info

2.Bioconda

　　Bioconda是专门为生物信息学另辟的一个Anaconda源，包含生物信息学分析的的绝大部分软件，常用的软件基本全都包括。

2.1 软件安装

# 搜索软件
conda search <package name>
# 安装，默认最新版本软件
conda install <package name>
# 安装指定版本软件
conda install <package name> = <version number>
# 移除软件
conda remove <package name>

常用软件如下：

FASTQ测序结果质量控制: fastqc
trim序列：fastx_toolkit
去除adapter的软件：cutadapt
比对软件：bwa, bowtie, bowtie2
RNA比对软件：tophat2, hisat2, star
SAM/BAM文件处理：samtools
BED文件处理：bedtools

注意：对于名字不熟悉的软件，在安装前需要去bioconda / packages查询确认名称后再进行安装。

2.2 其他指令

#更新conda
conda update conda
#更新软件
conda update <package name>
#查看已安装软件列表
conda list
#查看软件安装路径
which <package name>

3.Conda子环境

3.1 为什么需要子环境

　　实际中，由于每个人习惯不尽相同，有的可能用py2，有的可能用py3，使用的软件也有不同，想要重新复现一下分析结果，那就需要创建一个新的子环境，或者不同项目要求不同的软件，那么此时创建一个新的子环境同样是必要的。
　　子环境就相当于Windows系统中装的虚拟机，虚拟机中可以装Linux及不同版本的Windows来适应不同软件的安装需求，并且对原来系统不会造成任何影响。

3.2 子环境的相关指令

# 创建子环境,并制定python版本为2.7
conda create -n <sub environment name> python=2.7
# 激活子环境
source activate <sub environment name>
# 退出子环境
source deactivate
conda deactivate
# 查看子环境列表
conda info --envs
# 删除子环境
conda remove -n <sub environment name> --all

注意：

创建子环境系时，统会检查所需的软件和包并安装
子环境中的软件安装同外部环境，并且在子环境里安装的各种软件不影响外部环境
　　推荐一个项目对应一个conda子环境，这样能够清楚项目完成时所调用的包的版本号，一是方便后续排除因版本不对所带来的错误，二是方便别人接手或重复此项目。

参考资料：
1.生物信息学100个基础问题 —— 番外2: 用Anaconda快速搭建生物信息学分析平台
 2.Bioconda软件安装
 3.使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件
 4.生信软件的好帮手-bioconda
5.世上没有白走的路，每一步都算数