以前接到过在 Windows 下使用 FastTree 的任务，由于当时理解能力还不够，并且网上关于 FastTree 的说明太少（可能是由于官方文档太详细了！），对于接触命令行的人来说可能比较好理解，但是对于纯小白来说，可能就会有点困难（反正我还是小白的时候理解起来比较困难），针对此情况就有写此文档的想法。

1.下载

　　进入 FastTree官方网站 ，在官网上找到下图所示界面，根据情况下载对应版本的软件，本文主要对 Windows 下 FastTree 的使用进行说明，所以本文下载的是 Windows 版本的 FastTree 软件。

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　　下载完成后会出现 FastTree.exe 的文件，可放到任意文件夹中，但是必须知道此文件的路径。可用如下图方式查看文件的路径，右键此文件后点击最下方的“属性”，弹出对话框如下图，复制框中所示内容。

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2.进入cmd界面

　　右键屏幕最左下方的 Windows键，出现下图点击 运行 （或使用键盘上的 Windows键 + R），输入 cmd 后回车即可进入命令界面。

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注意：FastTree是免安装的软件，直接可用！！！

3.FastTree的使用

3.1 cmd 切换至FastTree.exe所在目录

# 本文演示时的exe文件存放于桌面，所以路径如下，根基实际情况修改路径
cd C:\Users\yangp\Desktop
# 此时可以输入下面指令获得软件的帮助文档
FastTree.exe --help

Tips：推荐使用 cmdhere 来直接进入 FastTree 所在的目录。

3.2 建树

　　本文演示时的 exe 文件存放于桌面，根据实际情况修改路径。

## 快速使用——对核酸序列进行建树
FastTree  -gtr -nt  nucleotides-seq.fas > tree.nwk
# -gtr 使用gtr模型进行建树，默认核酸使用Jukes-Cantor模型
# -nt 指定核酸比对，默认蛋白比对

## 具体示例说明
# 1.对比对后的蛋白序列使用 JTT+CAT 建树可以输入以下指令
FastTree < alignment_file > tree_file 
FastTree alignment.file > tree_file 
# 添加-wag  表示使用 WAG+CAT 模型进行建树
# 添加-lg  表示使用 LG+CAT 模型进行建树

# 2.对比对后的核酸序列使用 GTR+CAT 建树可以输入以下指令 
FastTree -gtr -nt < alignment.file > tree_file 
FastTree -gtr -nt alignment_file > tree_file 
# If you do not specify -gtr, then FastTree will use the Jukes-Cantor + CAT model instead
# 如果去掉 -gtr 选项，表示使用Jukes-Cantor + CAT模型进行建树

注意：

  • .fas 和 .nwk 是文件名，需要对应
  • nucleotides-seq.fas需为已比对且修剪好的序列，不只是fas格式文件，faste一类格式的文件都可以
  • 建议将FastTree.exe和Alignment-seq.fas放在同一个文件夹内方便管理
  • tree.nwk为输出文件，名字可自行修改，格式一般为nwk，默认存放在FastTree.exe同一个目录下
  • nwk的文件官方推荐比较小的树用MEGA查看，比较大的数用Archaeopteryx查看，非常大的16S trees用Arb查看
  • GTR(general time reversible model) 和 Jukes-Cantor都是比较常用的一种建树算法

3.3 示例

　　使用一个叫1.fas的比对好的核酸序列文件进行建树，输出一个叫1.nwk的树文件的全过程截图。

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