本文记录使用 Cartesian_ddG 计算蛋白-配体复合物的单点突变自由能的过程，软件版本为 rosetta_bin_linux_2020.28.61328_bundle。
本文记录为了计算突变对复合物自由能的影响而安装 Rosetta 及其他使用到的软件的过程。
主要记录在 Ubantu 上使用 Vina 进行分子对接的过程。大致可分为受体配体分子的预处理（MGLTools）和分子对接（Vina）两部分。
还在用 PPT 或者 AI 给图画圈圈吗？最近发现这些事情可以用 ggalt 来做，几行代码，解决自己画半天还不满意的情况，可谓是省时省力。
本文主要记录了对 aplot 包学习的过程，作者原文见参考资料。
aplot 也是一个拼图的 R 包，在对齐图与图之间的坐标轴方面比 cowplot 和 patchwork 更好用。并且其内置有在主图的上下左右插入图片的四个函数，综上来看和 complexHeatmap 比较类似，均是通过对齐坐标来画出各种复杂的图形。
主要记录如何使用 GENIE3 构建基因调控网络（GRN）。
本文主要记录 PyMOL 中的一些命令行操作，PyMOL 的主界面虽然有两个输入指令的窗口，但个人认为 External GUI 里面的指令输入框更为方便，不仅能查看输入的记录，也能在分离出主界面后放大并置于合适的位置进行命令行操作。另外 PyMOL 自带 tab 键补齐的功能，所以 PyMOL 对命令行操作还是比较友好的。
PyMOL 是一款基于 Python 开发的三维结构可视化的软件。个人觉得同 VMD 及 SPDBV 相比，其操作更加简单灵活、图形更加美观，而且可以使用命令行进行批处理，本文主要记录鼠标操作的相关内容。