Ubantu配置HDF5

　　本文记录了 Ubuntu 和 HDF5 版本不匹配所导致的问题和解决方法。

Ubantu 中配置 HDF5，在大部分情况下只需运行下面指令即可完成。

sudo apt-get update
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev

　　但是当 Ubantu 的版本和 HDF5 版本不匹配的时候，虽然运行上面指令，任然可以完成安装，但是当某些程序调用时，就会出现各种稀奇古怪的报错，这些报错几乎在 google 上搜不到，扰乱解决报错的方向。它们之间的版本对应关系可以参考下面网址。
HDF5 vulnerabilities: https://ubuntu.com/security/notices/USN-5272-1

1 手动对 HDF5 进行版本降级

　　本次是在 Ubuntu 18.04.6 上发现报错的，其中 HDF5 版本为 1.10.4，所以需要把 HDF5 降级为 1.10.0。由于 apt-get 并不能像 pip 一样，可以在安装的时候指定所需版本，所以需要先把之前的卸载干净后，再本地安装 1.10.0 版本的 HDF5 即可，具体操作参考下面代码。

## 1 卸载 HDF5
sudo apt-get remove libhdf5-dev
sudo apt-get remove libhdf5-serial-dev
# HDF5 1.10.4 对应的是 libhdf5-103，根据实际情况灵活变动
sudo apt-get remove libhdf5-103 
# 有时运行上面代码，卸载失败或卸载完后，会提示运行下面代码，需要运行之后，再继续失败或下一步指令
sudo apt --fix-broken install
sudo apt-get autoremove

　　卸载干净与否可以在运行 ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ | grep libhdf5_serial 后，查看是否有输出来判断，如果没有任何输出则表示卸载干净，如果有下面输出则表示还需要卸载。

libhdf5_serial.a
libhdf5_serial_fortran.a
libhdf5_serial_fortran.so -> libhdf5_serial_fortran.so.100.1.2
libhdf5_serial_fortran.so.100 -> libhdf5_serial_fortran.so.100.1.2
libhdf5_serial_fortran.so.100.1.2
libhdf5_serial_hl.a
libhdf5_serialhl_fortran.a
libhdf5_serialhl_fortran.so -> libhdf5_serialhl_fortran.so.100.0.3
libhdf5_serialhl_fortran.so.100 -> libhdf5_serialhl_fortran.so.100.0.3
libhdf5_serialhl_fortran.so.100.0.3
libhdf5_serial_hl.so -> libhdf5_serial_hl.so.100.1.1
libhdf5_serial_hl.so.100 -> libhdf5_serial_hl.so.100.1.1
libhdf5_serial_hl.so.100.1.1
libhdf5_serial.settings
libhdf5_serial.so -> libhdf5_serial.so.103.0.0
libhdf5_serial.so.103 -> libhdf5_serial.so.103.0.0
libhdf5_serial.so.103.0.0

Tips：

1. 考资料1中提到，可以运行 sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhdf5_serial.so.103 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhdf5_serial.so.100，从而手动创建一个实际为 libhdf5_serial.so.103 的 libhdf5_serial.so.100 的软连接，来消除 libhdf5_serial.so.100 无法找到的报错，但是还会有新的更加奇怪的报错出现。不过有的缺少库的报错是因为安装位置的原因，完全可以使用这种设置软连接的方式解决。
2. libhdf5_serial.so.103 的路径并不一定和本文记录的一致，可以通过运行 sudo find / -type f -name "libhdf5_hl.so*" 来确定。
3. 一定要看完运行输出的文字，根据提示灵活变动。

　　把之前的 HDF5 完全清理后，就需要手动本地安装对应版本的 HDF5，本次是下载 deb 文件进行安装，下载链接如下，因为存在依赖关系，所以需要依次运行下面代码。
hdf5 package in Ubuntu: https://launchpad.net/ubuntu/+source/hdf5

## 2 本地安装 HDF5
sudo dpkg -i ./hdf5-helpers_1.10.0-patch1+docs-4_amd64.deb
sudo dpkg -i ./libhdf5-100_1.10.0-patch1+docs-4_amd64.deb
sudo dpkg -i ./libhdf5-cpp-100_1.10.0-patch1+docs-4_amd64.deb
sudo apt-get install libaec-dev
sudo dpkg -i ./libhdf5-dev_1.10.0-patch1+docs-4_amd64.deb

Tips：

1. 不同版本的 deb 文件的中间代号是不一致的，所以使用开头名称和版本（如: hdf5-helpers_1.10.0）进行搜索来精确定位，其中本次的服务器需要 amd64 构架，根据实际情况改动。
2. 第2行代码在运行时出现 libhdf5-103:amd64 conflicts with libhdf5-100 的报错，就是没有卸载干净，运行对应卸载部分的代码即可。
3. 一定要看完运行输出的文字，根据提示灵活变动。

2 如何确定是版本不匹配造成的 !!!

　　怎么确定是版本不匹配造成的，这是个非常好的问题 !!!
　　最初是在 R 中加载 （或安装） hdf5r 时，出现 libhdf5_serial.so.100 无法找到的报错，使用第一部分中的代码确实找不到，只能找到 libhdf5_serial.so.103 ，我的固有思想是觉得 R 包的版本有问题有问题，当然换不同版本的 R 包安装也是最简单的一步。
　　当我在安装了不同版本的 R 包，均出现相同报错的时候，我就觉得可能不是这个原因，应该是 Ubantu 中的 HDF5 有问题，首当其冲的就运行了，本文开头的那三行指令，代码运行起来没有任何报错，一副岁月安好的样子，但是一装 hdf5r ，依旧是熟悉的报错，这时候才开始自己思考报错的含义，并且又搜索大量的相关信息。
　　随后就进入到，既然可以找到 libhdf5_serial.so.103，那就软连接创建一个 libhdf5_serial.so.100 来解决，找不到的报错，但是后面在安装的时候又出现了下面一些报错，这个报错搜不到相关的网页，是一条死胡同。

## error 1：报错整体没有记录，报错中主要是包含下面字符

SZ_encoder_enabled

## error 2

Error: package or namespace load failed for ‘hdf5r’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/data1/yangpp/R_library/4.1/hdf5r/libs/hdf5r.so': /data1/yangpp/R_library/4.1/hdf5r/libs/hdf5r.so: undefined symbol: H5Oget_info_by_name, version HDF5_SERIAL_1.8.7

　　所以还是回到 libhdf5_serial.so.100 不存在的问题上，100是小于103的，那就可以想到是当前的 HDF5 版本过高导致没得这个文件。后面就向着这个方向上努力，才有了能够解决此次报错的方法。

参考资料：
1.Ubuntu 20.04 - libhdf5_serial.so.10 not found (Gdal installation)