本文记录为了计算突变对复合物自由能的影响而安装 Rosetta 及其他使用到的软件的过程。

1 下载 Rosetta

　　Rosetta 需要购买（学术版免费），整个下载的过程类似于在网上购买电子书，注册账户-购买权限-获取下载链接和登录的账户密码。

① 点击下方链接出现下图所示界面，再点击下方左边红圈中的 Start Here
URL: https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download

Rosetta_1.png

② 跳转至如下界面，可以先点击 上方红框中的 Register，注册成功之后再点击 ORDER NOW 来购买；也可以直接点击 ORDER NOW，在没有登录的情况下会强制拉去注册。注册就是填下相关信息后去邮箱里面复制激活码，最后再设置一下账户密码。

Rosetta_2.png

③ 订单提交后会出现包含下面信息的界面，这些信息建议保存，该界面提供了相应 pdf 文件的下载。

Rosetta_3.png

④ 用浏览器打开上方 URL 后的链接，需要输入上方的 Username 和 Password 才能进入下面的软件版本选择界面。里面可选择 Last Numbered Release 和 Weekly Releases 两种版本，其中 Weekly Releases 顾名思义，就是每周修复已知 bug 的版本，因此发布的次数较多并且时间较新，两种版本按需选择即可，本次选择的是 Rosetta 2020.46 版本。

Rosetta_4.png

⑤ 点击上图中下方的红框即可进入最终的下载界面。本次下载的是 Rosetta 2020.46 source 源码版本，同时也下载了 300 M 大小的 Rosetta 2020.46 Online User Guide。由于文件都比较大，强烈建议进行 MD5 校验，校验码在 MD5 checksum of all files 中。

Rosetta_5.png

2 下载安装 SCons

　　由于 Rosetta 推荐使用 SCons 来编译，所以在下载 Rosetta 的过程中可以来安装 SCons，下方链接为 SCons 的下载界面。

SCons Download page: https://scons.org/pages/download.html

wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/scons/scons/4.0.0/scons-4.0.0.tar.gz
tar -zxvf scons-4.0.0.tar.gz
cd SCons-4.0.0
python setup.py install
scons --help

注意安装 SCons 要求 python3 !

3 安装 openbabel

　　等待下载 Rosetta 时，顺便把后面需要用到的 pdb 转 mol2 的软件也装上，只想装 Rosetta 的自行略过。

mamba install openbabel
conda install openbabel

喜欢源码安装的见参考资料4。

4 安装 Rosetta

　　首先配置环境变量，其中 ROSETTA 后面接 rosetta_src_2020.46.61480_bundle.tgz 解压后的路径，其余则不用修改，然后直接复制到 ~/.bashrc 中再 source 即可。

#Rosetta
export ROSETTA=/data/yangpp/soft/rosetta_src_2020.46.61480_bundle
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

配置好环境变量后，正式开始安装，步骤如下：

# download and unzip
wget https://www.rosettacommons.org/download.php?token=a64t4Q78m&file=rosetta_src_2020.46.61480_bundle.tgz
tar -zxvf rosetta_src_2020.46.61480_bundle.tgz
cd rosetta_src_2020.46.61480_bundle/main/source

# install release
scons -j40 mode=release bin

# test release
./test/run.py -j 40 --one

注意：
① scons 后的 -j 设置调用的线程数，本次调用 40 个线程大概用了 10 分钟才编译完，也就是说单线程的话需要 400 分钟才能结束，还是挺慢的，条件允许的情况下尽量多给点线程。
② scons 默认调用 GCC 编译，也可以用 CLang 编译，后面添加 cxx=clang 即可。所以在安装 Rosetta 之前可以用 g++ --version 和 clang --version 来检查系统中是否装有 GCC 或 CLang，本次检查中，系统中只有 GCC 故采用上面指令进行安装。
③ 最后一步 test 运行结束出现 All tests passed 则表示成功。

　　至此安装完成，由于本次安装并没有出现任何报错，所以并未记录报错的解决方法，若出现报错，可查阅参考资料3 和参考资料6 进行处理。

5 Rosetta 指令的命名方式

　　最后需有必要对 Rosetta 指令的命名方式做一些说明，因为名字会随着不同的安装方式而改变!!!

下方以 antibody 指令为例，可以按照 . 来划分为三部分，不同编译方式的名字是不一样的：
antibody.default.linuxgccrelease：本次编译的结果，中间部分为 default 是因为采用默认参数编译的，后面部分可以明显的知道这是 linux 系统上用 GCC 编译的版本。
antibody.mpi.linuxgccrelease：中间部分为 mpi 是由于运行 scons 时后面加了 extras=mpi。
antibody.mpi.linuxclangrelease：这个与上个的不同点是用 CLang 编译的。
antibody.static.linuxgccrelease：这个是下载的安装包不同，用的是 rosetta_bin_linux_2020.46.61480_bundle，所以中间部分为 static。

参考资料：
1.Rosetta download
2.Getting started
3.Setting up Rosetta 3
4.Install Open Babel
5.Open Babel 3.0.1 documentation
6.CentOS7配置Rosetta安装教程